李宗霖博士
生物工程专业：硕士生导师
生物与医药专业（生物工程领域）：硕士生导师
个人简介:
yl8858永利集团，特聘副研究员。中国生物工程学会一碳生物技术专委会青年学者，上海市生物工程学会青年委员。2023年于yl88858永利中国生物工程专业取得工学博士学位（导师李志敏教授）。研究聚焦国家“生物制造”战略，以体外合成生物学为核心，结合新酶创制、多酶分子机器组装调控、AI模型开发，构建高效合成体系，推动低碳生物质向氨基酸、多肽、核酸、有机酸、糖基化产物等高值化学品转化。入选上海市“超级博士后”激励计划（2023年）、国家资助博士后研究人员计划（2023年），获上海市“海聚英才”创新创业大赛决赛金奖（2025年）。
研究方向：
方向一：体外合成生物学与途径原型化
以体外体系为平台，开展多酶分子机器的模块化组装与代谢途径的快速原型化。构建天然或非天然的合成路径，在纯净、可控的体外反应中先行验证反应流、产物分布与动力学/热力学特征，识别关键瓶颈和需改造的转化步骤，并据此为大肠杆菌细胞工厂的构建提供工程目标与设计依据。
方向二：AI驱动的酶设计与元件创制
围绕体外原型化识别出的瓶颈位点，利用AI辅助设计、深度学习等手段，创制高性能元件（催化元件、调控元件、功能元件等），提升催化效率与稳定性或赋予新功能，使之成为可直接整合到体外途径与体内细胞工厂的高效模块。目前主要研究激酶、转移酶两大类。
方向三：蛋白质历史学
本方向从进化视角探究蛋白质进化的早期阶段以及蛋白质与代谢之间的协同进化。通过祖先序列重建等技术复活古酶，并在实验室环境下定向重进化，研究其催化特性、pH适应性等的演化机制，理解自然进化的设计规则，为人工酶元件的设计提供新策略和灵感。
主持的科研项目或基金：
1. 国家重点研发计划青年科学家项目——2024.12-2027.11，子课题负责人
2. 中国石油科技创新基金研究项目——2025.03-2028.03，主持
3. 上海市科委2025年度关键技术研发计划合成生物学项目——2025.08-2028.07，子课题负责人
4. 国自然青年科学基金C——2026.01-2028.12，主持
部分发表论文：（#共同第一作者，*通讯作者）
1. Zong-lin Li#,*, Ting Chen#, Zhi-min Li*. Engineering the activity and stability of dCMP deaminase to achieve efficient and simple production of uridine monophosphate. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2025, 73: 29674–29682.
2. Xiao-peng Dai, Xiang-chun Meng, Ying-jun Zhou, Zhi-min Li*, Yu Ji*, Ulrich Schwaneberg, Zong-lin Li*. De Novo design of high-performance Sec-type signal peptide via a hybrid deep learning architecture. JACS Au 2025, 5: 4669–4674.
3. Shuai Xu, Shu-hong Wang, Long-wei Lou, Yu Ji, Ulrich Schwaneberg, Zhi-min Li*, Feng Cheng*, Zong-lin Li*. Modular multi-enzyme cascades enable green and sustainable synthesis of non-canonical amino acids from glycerol. Nature Communications 2025, 16: 8079.
4. Shuai Xu, Ya-min Chen, Xiang-yu Meng, Ru Pan, Ao-xuan Yan, Zhi-min Li*, Zong-lin Li*. Computational-assisted protein engineering to develop thermostable and highly active catalase for industrial and biocatalytic applications. Bioresource Technology 2025, 437: 133081.
5. Chuan-qi Sun, Zhi-min Li*, Yu Ji*, Ulrich Schwaneberg, Zong-lin Li*. CMDmpnn: combining comparative molecular dynamics and ProteinMPNN to rapidly expand enzyme substrate spectrum. Journal of Chemical Information and Modeling 2025, 65: 2741–2747.
6. Shuai Xu#, Zong-lin Li#,*, Zhi-min Li*, Hong-lai Liu. Mining unique cysteine synthetases and computational study on thoroughly eliminating feedback inhibition through tunnel engineering. Protein Science 2024, 33: e5160.
7. Chuan-qi Sun, Miao-zi Lou, Zong-lin Li*, Fei-yan Cheng, Zhi-min Li*. Combining an enhanced polyphosphate kinase-driven UDP-glucose regeneration system with the screening of key glycosyltransferases for efficient in vitro synthesis of nucleoside disaccharides. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2024, 72: 20557–20567.
8. Long-wei Lou, Fei-yan Cheng, Zong-lin Li*, Zhi-min Li*. Constructing an artificial in vitro multi-enzyme cascade pathway to convert glycerol and CO2 into L-aspartic acid. Bioresource Technology 2024, 411: 131350.
9. Zong-lin Li#,*, Miao-zi Lou#, Chuan-qi Sun, Zhi-min Li*. Engineering a robust UDP-glucose pyrophosphorylase for enhanced biocatalytic synthesis via ProteinMPNN and ancestral sequence reconstruction. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2024, 72: 15284–15292.
10. Zong-lin Li#,*, Chuan-qi Sun#, Zhou-lei Qing, Zhi-min Li*, Hong-lai Liu. Engineering the thermal stability of a polyphosphate kinase by ancestral sequence reconstruction to expand the temperature boundary for an industrially applicable ATP regeneration system. Applied and Environmental Microbiology 2024, 90: e01574-23.
本课题组的研究方针和基本思想：
1、关于研究课题
我们对创造新事物（分子、系统、程序等）很感兴趣，尤其是利用进化论来创造新事物。一般来说我们会提出几个项目，并要求你从中选择最符合自身需求的项目，研究你感兴趣的领域。我们的研究涵盖化学、生物、计算科学。
2、关于研究指导
我们随时期待并欢迎与你就任何方面进行讨论。但是消极的态度很快就会结束对话。所有人需要注意，不要成为指令的发出者和接受者。我们的第一个目标是培养你逻辑思考和独立解决问题的能力。我们希望与学生建立起既是合作者又是成年人的关系（相互独立、相互扶持、保持分寸）。
3、关于发表论文
不发表论文等于什么都没做。我们重视科研诚信与学术规范，毕业要求严格。我们没有顶刊崇拜，但鼓励大胆尝试。无论学术型或专业型硕士，均须以第一作者发表JCR Q2及以上论文方可申请学位。发表论文需要遵循一定的礼仪，你需要快速掌握论文所需的研究和实验方法，经验至关重要。
4、关于其他事宜
我们的第二个目标是培养你学会安排自己的时间，平衡生活与科研，但禁止兼职。我们鼓励体育运动，身体健康永远是第一位。一般情况下寒/暑假均为15天，自行协调安排时间。路途遥远可增加1天。我们每周举行一次固定文献汇报组会，每月举行一次实验室全体会议。
最重要的是，带着微笑享受每一天
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